Osim poznavanja prirode patogena, za razumijevanje infektivnih bolesti i važnosti vakcina je potrebno znati i osnovne termine epidemiologije. Ovdje su osnoni pojmovi epidemiologije. Neki od tih termina su endemska bolest, preventabilne bolesti, epidemija, pandemija, incidencija, prevalencija i mortalitet.

Endemska bolest je bolest koja je uvijek prisutna u populaciji. Recimo tuberkuloza je endemska globalno, a malarija je endemska za tropsko područje.

Epidemija je iznenadan porast broja slučajeva tj. broja osoba kod kojih je dijagnosticirana bolest u određenom vremenskom periodu npr. jedne sedmice, mjeseca.

 Morbiditet je apsolutni ili relativni broj oboljenja u određenog grupi za određeno vrijeme i ne treba ga miješati sa mortalitetom.

Mortalitet je broj smrtnih sluačjeva u stanovništvu i može biti ukupan ili mortalitet od određene bolesti. 

Pandemija je povećanje broja slučajeva infekcije na jednom kontinentu ili u cijelom svijetu. Dakle, pandemija je globalna epidemija.

Incidencija ili incidenca je broj novozaraženih (ili novooboljelih, jer se termin koristi i za nezarazne bolesti) u toku određenog vremena na određen broj ljudi. 

Prevalencija ili prevalenca je ukupan broj oboljelih, bez obzira na to kada se bolest pojavila.

Mortalitet je broj umrlih od neke bolesti.

Preventabilne bolesti su sve one bolesti koje možemo spriječiti vakcinacijom. Neke od bolesti koje možemo spriječiti na ovaj način nisu karakteristične za naše područje, pa se vakcine za njih kod nas ne daju. Primjer su japanski encefalitis i ebola. Za neke druge bolesti koje postoje i kod nas, poput raka grlića materice izazvanog papiloma virusom, vakcine nisu u kalendaru redovne vakcinacije kod nas. Primjeri preventabilnih bolesti protiv kojih se kod nas daju vakcine su difterija, tuberkuloza, dječija paraliza (poliomijelitis, polio), morbili (krzamak, ospice), rubeola, zaušnjaci i tetanus.

Eradikacija: ova riječ potiče od latinske riječi “radix” u značenju „korijen“. Zapravo, mi bismo rekli da je to iskorjenjivanje neke bolesti. Postoji nekoliko definicija šta je to eradikacija u imunologiji, ali se obično kaže da je to permanentna redukcija na incidenciju od nula broja slučajeva infekcije koristeći se određenim mjerama.

Primjer eradicirane bolesti su velike boginje.

Usljed nerazumijevanje ovih pojmova, naročito razlike između incidencije, prevalencije i mortaliteta, često se dešava da se podaci o određenim infekivnim bolestima pogrešno tumače. Recimo, neko će govoriti o mortalitetu, a treba govoriti o morbiditetu.

Primjerice, osobe i grupe koje žele umanjiti značaj vakcinacije u kontroli određenih infektivnih bolesti, poput morbila, često prikazuju mortalitet, i onda označe kako je do pada mortaliteta došlo i prije introdukcije vakcine. Međutim, kada bismo prikazali incidenciju morbila, onda je jasno da je ona postala manja nakon uvođenja vakcine i da je vakcina u mnogome pomogla kontroli bolesti.